problemas con ckp neon

tengo un problema con un neon 97 le montamos un motor de neon 2006 pero no me di cuenta que la posicion del ckp en este modelo fue cambiado (de la parte inferior delantera ubicado por debajo del filtro de aceite)que funciona en el cilindro 1 en el motor 2006 lo colocaron por debajo del arranque y funciona en le cilindro 4 todo funciona bien y cuadran bien todos los accesorios pero no me llega pulso de inyeccion ni corriente a las bujias pero hay corriente y señal lo unico que pude observar es que en el modelo 1997 el dentado que da señal al ckp esta en la contrapesa de la viela en el cilindro uno pero tiene 4 dientes largos y en modelo 2006 esta en la contrapesa del cilindro 4 pero tiene mas dientes y mas pequeños ahora mi duda es la pcm esta recibiendo la señal del sensor pero no me da el pulso ni corriente sera que la señal esta siendo mal interpretada por la pcm por la diferencia en los dentados de las contrapesas