Mi Elantra no tiene fuerza

resulta que el auto le cambie el motor porque el otro estaba descomprimido, partio bien y todo pero a medida que fue andando como que se estaba tapando algo y eso le fue quitando poco a poco la fuerza, hasta que termino mojando las bujias, pensé que podia ser el catalitico que podia estar tapado , pero desconecte el escape adelante e igual me falla , nose que puede ser computador? compre bujias nuevas y mejora un poco pero igual despuez se le quita la fuerza , al parecer es problema de entrada de aire o algo asi, porque tengo que desconectar la valvula que tiene en la tapa de valvulas para que me regule :/ , porfavor alguien que me pueda ayudar, se lo agradeceria mucho....